Se había entregado con entusiasmo a esta labor, sosteniendo la tesis, hoy aceptada en casi todas partes, de las dos fuentes, según la cual Marcos y una colección hoy perdida de dichos de Jesús (la fuente «Q») constituirían la base de los tres evangelios sinópticos, y, por tanto, Marcos sería la fuente para los evangelios de Mateo y de Lucas, considerados, por tanto, de composición más reciente. Pero esto aparecía en contradicción con la tradición, que se remonta al siglo segundo, que considera al evangelio de san Mateo como el más antiguo, que el apóstol mismo habría escrito en «dialecto hebreo». Maier se encontró así en plena controversia modernista, combatida con gran vehemencia, cuyo punto esencial lo constituía precisamente la cuestión de los evangelios.