Thor versucht, die Kräfte des Kosmos wieder in Einklang zu bringen. Doch der rachsüchtige Malekith, Herrscher der Dunkelelfen, will alle neun Reiche mit der Macht einer mysteriösen Substanz in ewige Finsternis stürzen. Weil nicht einmal sein Vater Odin, König von Asgard, diesen Feind aufhalten kann, tritt Thor seine gefährlichste Reise an. Diese wird ihn mit seiner großen Liebe Jane Foster wiedervereinen, aber zwingt ihn auch zu einer riskanten Allianz mit seinem Adoptivbruder Loki.
